Bộ Tài chính trả lời kiến nghị về thu nhập được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp

Bộ Tài chính trả lời kiến nghị về thu nhập được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp (Hình từ Internet)

Ngày 09/7/2025, Bộ Tài chính ban hành Công văn 10264/BTC-CST về việc trả lời chất vấn của Đại biểu Quốc hội Trần Khánh Thu.

Công văn 10264/BTC-CST

Bộ Tài chính trả lời kiến nghị về thu nhập được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp

Bộ Tài chính đã nhận được văn bản số 831/UBDNGS15 ngày 24/6/2025 của Ủy ban Dân nguyện và Giám sát của Quốc hội chuyển chất vấn của Đại biểu Quốc hội Trần Khánh Thu, Đoàn Đại biểu Quốc hội tỉnh Thái Bình (nay là tỉnh Hưng Yên). Bộ Tài chính xin trả lời như sau:

Nội dung kiến nghị:

Liên quan đến Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) (sửa đổi) tại điểm b khoản 14 Điều 4 (Thu nhập được miễn thuế) đang quy định: “b) Dịch vụ sự nghiệp công mà Nhà nước phải hỗ trợ, đảm bảo kinh phí hoạt động do chưа tính đúng tính đủ chi phí cung cấp dịch vụ trong giá dịch vụ”.

Theo Nghị định 60/2021/NĐ-CP quy định cơ chế tự chủ tài chính của đơn vị sự nghiệp công lập thì chỉ các cơ sở y tế công lập tự chủ tài chính nhóm 3, nhóm 4 mới được ngân sách nhà nước hỗ trợ, cấp ngân sách cho các hoạt động; còn các cơ sở y tế công lập tự chủ tài chính nhóm 1, nhóm 2 không được ngân sách nhà nước hỗ trợ kinh phí hoạt động thường xuyên nên sẽ phải thực hiện nộp thuế cả doanh thu từ dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh bảo hiểm y tế, không bảo hiểm y tế (nhưng không phải là khám, chữa bệnh theo yêu cầu).

Từ năm 2024, cơ quan Thuế các địa phương, cơ quan Kiểm toán Nhà nước đã có thống kê và yêu cầu các đơn vị cơ sở y tế công lập thực hiện kê khai và nộp thuế đối với các khoản thu này vì áp dụng Điều 8 Thông tư 78/2014/TT-BTC quy định về thu nhập được miễn thuế TNDN, theo đó không có nội dung nào quy định miễn thuế TNDN đối với “khoản thu dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh tại các cơ sở khám bệnh, chữa bệnh của Nhà nước thuộc phạm vi quản lý của tỉnh.”

Đề nghị Bộ trưởng cho biết đơn vị sự nghiệp công tự chủ tài chính nhóm 1, nhóm 2 thì nguồn thu từ giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh (KBCB) (không phải yêu cầu) có thuộc đối tượng áp dụng miễn thuế như quy định của điểm b khoản 14 Điều 4 Luật Thuế TNDN không?

Và những đơn vị sự nghiệp công lập đã nhận được yêu cầu của các cơ quan thuế và cơ quan kiểm toán nhà nước yêu cầu kê khai, nộp thuế đối với khoản thu nhập từ hoạt động khám bệnh, chữa bệnh theo giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh do Nhà nước quy định (không phải giá KBCB theo yêu cầu) trong những năm trước thì có phải thực hiện nữa không?

Theo đó, Bộ Tài chính đã có nội dung trả lời như sau:

Căn cứ quy định pháp luật về thuế TNDN (Luật Thuế TNDN và các Nghị định của Chính phủ hướng dẫn Luật Thuế), về nguyên tắc đơn vị sự nghiệp có hoạt động kinh doanh hàng hóa, dịch vụ có thu nhập chịu thuế TNDN xác định được doanh thu, chi phí, thu nhập thì số thuế TNDN phải nộp trong kỳ tính thuế bằng thu nhập tính thuế nhân (x) với thuế suất; trường hợp các đơn vị này hạch toán được doanh thu nhưng không xác định được chi phí, thu nhập của hoạt động kinh doanh thì kê khai nộp thuế TNDN tính theo tỷ lệ % trên doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ. Hiện hành, theo quy định tại Điều 11 Nghị định 218/2013/NĐ-CP, đối với hoạt động y tế, tỷ lệ này là 2% (dịch vụ thông thường khác là 5%).

Liên quan đến nội dung này, ngày 28/11/2017, Văn phòng Chính phủ có Thông báo 551/TB-VPCP thông báo ý kiến kết luận của Lãnh đạo Chính phủ: 

(1) Về thuế đối với đơn vị sự nghiệp công lập thực hiện đúng quy định của pháp luật về thuế.

(2) Giao Bộ Tài chính chủ trì, phối hợp với các Bộ, cơ quan liên quan trên cơ sở Nghị quyết 19-NQ/TW ngày 25/10/2017 của Ban Chấp hành Trung ương về tiếp tục đổi mới hệ thống tổ chức và quản lý, nâng cao chất lượng và hiệu quả hoạt động của các đơn vị sự nghiệp công lập, rà soát, hoàn thiện chính sách thuế đối với đơn vị sự nghiệp công lập nhằm khuyến khích các đơn vị này tự chủ tài chính và có tích lũy cho đầu tư, báo cáo Thủ tướng Chính phủ, Chính phủ trình Quốc hội sửa đổi, bổ sung các Luật về thuế.

Căn cứ các quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế và thực hiện ý kiến của Lãnh đạo Chính phủ tại Thông báo 551/TB-VPCP nêu trên, các đơn vị sự nghiệp công lập thực hiện kê khai, nộp thuế TNDN theo quy định của pháp luật về thuế TNDN hiện hành.

Ngày 14/6/2025, Quốc hội đã thông qua Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025, trong đó, đã bổ sung quy định:

(i) Miễn thuế đối với thu nhập của đơn vị sự nghiệp công lập từ cung cấp dịch vụ sự nghiệp công (trong đó bao gồm cả lĩnh vực y tế), cụ thể:

- Dịch vụ sự nghiệp công cơ bản, thiết yếu thuộc danh mục dịch vụ sự nghiệp công sử dụng ngân sách nhà nước do cơ quan có thẩm quyền ban hành;

- Dịch vụ sự nghiệp công mà Nhà nước phải hỗ trợ, đảm bảo kinh phí hoạt động do chưa tính đủ chi phí cung cấp dịch vụ trong trong giá dịch vụ;

- Dịch vụ sự nghiệp công tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn.

(ii) Đơn vị sự nghiệp công lập cung cấp dịch vụ sự nghiệp công ở địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn được giảm 50% số thuế TNDN phải nộp.

Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 có hiệu lực thi hành từ ngày 01/10/2025 và áp dụng kể từ kỳ tính thuế năm 2025. Hiện nay, Bộ Tài chính đang khẩn trương hoàn thiện các văn bản quy định chi tiết và hướng dẫn Luật đề trình Chính phủ ban hành và ban hành theo thẩm quyền để các chính sách của Luật kịp thời đi vào cuộc sống, đảm bảo tính khả thi khi thực hiện.

Xem thêm tại Công văn 10264/BTC-CST ban hành ngày 09/7/2025.

54